Ayvalık Midilli feribot seferleri tüm yıl boyunca devam etmekte, yaz aylarında ise her gün yapılan seferler karşılıklı olarak düzenlenmektedir. Sabah 09:00 – 18:00 saatleri arasında yapılan feribot seferleri dönemsel olarak yoğunluğa göre ek seferlerle de güncellenmektedir. Seyahat öncesinde feribot saatlerinin kontrol edilmesi gerekmektedir. Ayvalık – Midilli feribot yolculuğu ortalama 1 saat sürmektedir.